Les idées de Robert Zubrin sont tellement bonnes qu'elles ont été en parties reprises par la NASA. Un deuxième scénario tiré de Mars Direct a alors vu le jour. Nommé Mars Semi Direct, il a servi de base à la création de la mission de référence de la NASA (Design Reference Mission Study), qui n'a plus grand chose à voir avec le projet SEI. Comme la mission de référence est présentée à part, nous allons nous consacrer ici à Mars Semi Direct.
Dans Mars Semi Direct, la taille de l'équipage augmente et passe de 4 à 6 personnes (ce qui nécessite un lanceur plus lourd). Ensuite, Mars Semi Direct permet de lever un problème important de Mars Direct : la fabrication de carburant à la surface de Mars. Si la première fusée lance vers Mars un module d'habitation identique à celui de Mars Direct, le deuxième tir propulse par contre un orbiteur (qui servira pour le voyage de retour) et un véhicule de remontée (MAV) dont les réservoirs sont vides. L'équipage ne partira donc pas directement de la surface martienne pour rejoindre la Terre (d'où le nom de la mission), mais devra dans un premier temps rejoindre l'orbite basse grâce au MAV, avant de rentrer définitivement chez lui avec l'orbiteur. Le véhicule de remonté (MAV) ne consommera pas beaucoup de propergol, car il doit uniquement rejoindre l'orbite basse. Son carburant est la encore fabriqué sur Mars, mais en bien plus petite quantité que pour Mars Direct (36 tonnes au lieu de 107 tonnes). Admettons maintenant que la technologie de fabrication in-situ de carburant à partir de l'atmosphère martienne ne soit pas valable. Il faudra alors redéfinir entièrement la mission Mars Direct, ce qui n'est pas le cas avec Mars Semi-Direct. On se contentera d'envoyer le MAV avec ses réservoirs pleins (et là, plus de problèmes possibles, sauf en cas de fuite!), quitte à lancer non pas deux mais trois fusées si la capacité d'emport est limitée : une fusée emporte le MAV, une autre l'ERV et la troisième le module d'habitation. Par contre, le rendez vous en orbite martienne qu'impose Mars Semi Direct est une étape cruciale, absente du scénario original de Zubrin.